Dalam bidang patologi dan etiologi, Kanun memerikan sifat penyakit berjangkit seperti phtihisis ("Tuberculosis") dan bagaimana penyakit bawaan air dan tanah boleh merebak. Kanun juga menunjukkan kewujudan penyakit seksual.[46] Kanun memberikan pemahaman lengkap sifat penyakit berjangkit.[47]

Kanun memerikan perbezaan antara mediastinitis dan pleurisi dua penyakit radang dada yang hampir sama gejalanya. Selain itu ia juga memerikan meningitis (penyakit radang pada selaput meninges di bahagian otak) dan mengenal pasti penyakit kecacingan ("infestasi") yang disebabkan cacing seperti cacing Ascaris, Enterobius, cacing pita, dan cacing Guinea (Dracunculiasis).[48]

Kanun bersama-sama penulisan al-Razi mendorong kepada pembinaan hospital Bimaristan dengan wad-wad berasingan bagi penyakit-penyakit khusus agar pesakit yang menghidap penyakit berjangkit tidak bercampur-gaul dengan pesakit yang tidak mengalami penyakit berjangkit.[47]